Le Service des Manuscrits de la Bibliothèque de l’Institut de France compte 8568 cotes à la date du 1^er novembre 2019.  Pour les fonds catalogués jusqu’en décembre 2012, une cote correspond à une unité bibliographique, c’est-à-dire qu’un même fonds peut recouvrir de 1 à plusieurs dizaines de cotes. Depuis 2013, afin de signaler le plus rapidement possible les fonds à l’attention des lecteurs, une seule cote est attribuée à un nouveau fonds, des sous-cotes étant rajoutées par la suite au fur et à mesure de l’avancement du classement et du catalogage. Cette méthode a été inaugurée avec le fonds André Maurois, (Ms 8505) qui à terme devrait compter environ 200 sous cotes.

Les fonds Godefroy et Lovenjoul ont des cotations séparées.

Depuis 2001, tous les manuscrits sont catalogués dans la base de données des manuscrits des bibliothèques de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, Calames et le catalogage papier a été abandonné. Depuis 2013, à l’exception des fonds en cours de constitution, ils sont signalés dans la base dès leur arrivée à la bibliothèque.

Il est cependant toujours possible de consulter les catalogues imprimés pour les fonds anciens :

M. Bouteron et J. Tremblot, Catalogue général des manuscrits des bibliothèques publiques de France : Paris, Bibliothèque de l'Institut, Paris, 1928 (cotes 1 à 3 800).

J. Tremblot de la Croix, Catalogue général des manuscrits des bibliothèques publiques de France : Paris, Bibliothèque de l'Institut, Supplément, Paris, 1962 (cotes 3801 à 6200).

F. Gébelin, Catalogue général des manuscrits des bibliothèques publiques de France : Paris, Bibliothèque de l'Institut, Collection Godefroy, Paris, 1914.

H. Dehérain, "Catalogue du fonds Cuvier (travaux et correspondance scientifiques) conservés à la Bibliothèque de l'Institut de France", Paris, 1908, extrait de la Revue des bibliothèques, 1907-1908 (cotes 3001 à 3347). G. Vicaire, Catalogue général des manuscrits des bibliothèques publiques de France : Chantilly, Bibliothèque Spoelberch de Lovenjoul, Paris, 1960. Des corrections et compléments ont été reportés sur un exemplaire du catalogue consultable au bureau des renseignements de la salle de lecture.

Toutefois le contenu de ces catalogues, ainsi que celui des catalogues manuscrits pour les cotes suivantes, a été versé dans la base de données Calames à l’exception du catalogue Cuvier, pour lequel seule la correspondance a été entrée dans Calames.

Les notices des anciens catalogues étant parfois sommaires, certaines d’entre elles ont été, depuis 2013, reprises et détaillées. C’est pourquoi la consultation de la base Calames, régulièrement mise à jour, se révèle indispensable, y compris pour les fonds anciens.