Origines
Le fonds initial de la Bibliothèque de l’Institut est constitué de trois apports principaux.
Après l'annulation de l'arrêté de juin 1796 qui lui rattachait la bibliothèque de l'Arsenal, l'Institut reçut à la place, par le décret du 27 ventôse an V (17 mars 1797), la bibliothèque du XVIIIe siècle de la Ville de Paris, pour lui servir d’instrument de travail. Celle-ci s’était constituée par les libéralités de plusieurs bibliophiles, et avait été ouverte au public, deux jours par semaine, dès 1763. Elle avait pour origine principale le legs fait en 1759 par le procureur du roi Antoine Moriau de sa riche collection d’ouvrages littéraires, scientifiques et juridiques et de manuscrits.
En 1796, l’Institut fut autorisé à prélever des livres de son choix dans les dépôts littéraires de Paris et de Versailles où étaient rassemblés les livres confisqués. Il entra ainsi en possession de livres et de manuscrits de provenances variées. Parmi ces derniers, on remarque le texte et les costumes de deux ballets dansés à la cour de Louis XIV, le Ballet de la Nuit et les Noces de Thétis et Pélée, qui proviennent de la bibliothèque des Menus-Plaisirs du roi.
Les anciennes académies royales avaient été supprimées en 1793 par la Convention et leurs collections d’ouvrages et d’objets dispersées. Des ouvrages de l’Académie des inscriptions et belles-lettres purent être retrouvés dans le dépôt des Capucins. L’Institut se fit remettre par la bibliothèque du Muséum d’histoire naturelle des documents de l’Académie des sciences qui y avaient été recueillis. Il put aussi garder la propriété de volumes provenant de l'Académie royale d'architecture qui avaient été donnés à l'École d'architecture, logée en 1801 dans le collège des Quatre-Nations, futur Palais de l'Institut. Ces ouvrages en effet ne suivirent pas les écoles d'art lorsqu'elles quittèrent l'Institut pour l'École des beaux-arts en 1840.
C'est de l'époque du Directoire que date l'attribution à l'Institut, pour étude, de douze carnets de notes et de dessins, en majorité scientifiques, de Léonard de Vinci. Ces carnets avaient été saisis en 1796 à la Bibliothèque ambrosienne de Milan par le général Bonaparte, qui fut élu membre de la Classe des sciences de l'Institut peu de temps après.
La renommée de l'Institut lui valut aussi, en 1803 et 1809, de se voir confier par Napoléon, qui les avait reçus du roi de Naples, des rouleaux de papyrus antiques carbonisés trouvés dans une villa d'Herculanum.